一、背景
遺傳多樣性的保護和利用對于當前的利用和未來可持續(xù)利用和發(fā)展的需求都很重要。
任何育種計劃都基于物種遺傳資源的可用性,還包括相關物種和一般物種。任何種質資源收集和活庫中的基因型數量都受到空間、勞動力和遺傳資源管理所需的巨額資金的限制。
隨著全球育種計劃的集中努力,大多數物種每年都會增加數百個品種,實際上很難將所有種質保存在一個地方。育種者和研究人員面臨為育種計劃確定特定類型遺傳多樣性的困難。通常很難找到有關具有某些感興趣特征的種質的信息,例如更高的產量、對生物或非生物脅迫的抗性等。因此,種質信息的記錄和編目對于正確保存和利用種質是必要的。
挖掘種質信息對于了解作物多樣性及其有效利用以維持豐富的生產和健康的環(huán)境也是必要的。
二、功能示范
當前世界上已有各種研究人員已經開發(fā)了許多種質資源庫,即 Horry 等人 (2002) 在菠蘿中; Rajagopal 等人 (2005) 在椰子中; Upadhyaya 等人 (2007) 在珍珠小米; Savita 和 Hussain(2009 年)在大豆中; Singh 等人(2013 年)在香蕉中; Praveen 等人 (2015) 在甘蔗中。
從中學習優(yōu)秀的經驗,對開發(fā)使用自己的系統(tǒng)很有必要。下面本文將以印度的玫瑰基因資源庫系統(tǒng)為例。
ICAR - 印度園藝研究所 (ICAR-IIHR) 在過去 5 年中長期從事主要園藝作物種質的收集、保存和改良工作。
這項研究有兩個主要目標
(i)建立玫瑰基因型的數字存儲庫和
(ii)開發(fā)支持網絡的界面以檢索有關玫瑰及其所需基因型的基本信息。
ICAR-IIHR 位于班加羅爾的 Hesa??raghatta(北緯 13°08’,東經 77°29’,海拔 767 米)。天氣溫和,土壤呈紅色。 ICAR-IIHR 的玫瑰種質收集包括 320 種不同類別的基因型。該系列包括本土和外來品種,其中大部分屬于羅莎雜交品種。它包括混合茶、Floribunda、漫步者和登山者的園藝類別。 ICAR-IIHR 正在維護 13 種不同的玫瑰。在本研究模型中,基因型根據效用(香型、切花和噴霧型散花)進行分類,重點關注農民需求的遺傳改良。
種質資源收集的表征描述符基于印度政府植物品種和農民權利保護局 (PPV&FRA) 在獨特性、一致性和穩(wěn)定性測試實施指南 (DUS) 中規(guī)定的 60 個描述符) 用于建立基因型的唯一性。描述符由 17 個植物性狀和 43 個生殖性狀組成。營養(yǎng)性狀中,葉性狀9個,莖性狀8個,而花性狀41個,果實性狀2個。因此,種質收集通過其護照數據進行認證;我們已經在我們的信息系統(tǒng)中包含了相同的內容。每個字符都有一個用文字解釋的狀態(tài)列表,每個狀態(tài)由一個整數代碼表示。
該信息系統(tǒng)是在Windows操作系統(tǒng)的WampServer 2.5虛擬主機平臺上開發(fā)的。后端數據庫是在 MySQL 關系數據庫管理系統(tǒng) (RDBMS) 中開發(fā)的,它由 62 個表組成——一張用于護照數據,一張用于特征數據,其余用于各種其他字符。描述符和護照數據收集在 Excel 文件中,并使用 phpMyAdmin 管理工具導入數據庫。數據庫的基于 Web 的用戶界面是用超文本標記語言 (HTML) 和超文本預處理器 (PHP) 語言開發(fā)的。 PHP 的 mysqli 擴展應用程序編程接口 (API) 已被選擇用于與 MySQL 數據庫服務器交互。變量使用 POST 方法在搜索和結果頁面之間傳遞。
三、優(yōu)缺點分析
ICAR-IIHR系統(tǒng)針對玫瑰花展開了育種種質的收集與分析、管理。
但是該系統(tǒng)只針對一個物種的種質,仍存在一定的局限性。
且系統(tǒng)開發(fā)流程過于簡單,只是本機的數據庫開發(fā),沒有利用云技術,因此缺少了諸多的便利,低代碼平臺+定制的方案或許是一個更好的解決方案。
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